Aby przypomnieć czytelnikom, ostatni odcinek „Voyagera”, zatytułowany „Endgame” (23 maja 2001 r.), przeniósł nas do możliwej przyszłości, w której USS Voyager zdołał powrócić na Ziemię, po upływie 20 lat. Janeway, żałując decyzji, którą podjęła dekady wcześniej, kradnie gadżet do podróży w czasie i cofa się w czasie do „teraźniejszości” „Voyagera”, aby skonfrontować się ze swoim młodszym „ja”. Starsza Janeway nakazuje młodszej Janeway skorzystać z technologii Borg, aby szybciej wrócić na Ziemię, chociaż młodsza Janeway jest trochę zirytowana, że jej starsze „ja” mogłoby być tak lekkomyślne w kwestii podróży w czasie.
W tej alternatywnej przyszłości widzowie widzieli Doktora z powrotem na Ziemi z żoną, chociaż podano o niej niewiele informacji. Po tym, jak młodsza Janeway wróciła na Ziemię wcześniej, ta alternatywna wersja Doktora została prawdopodobnie wymazana z historii. Niewiele pokazano Doktora po wydarzeniach z „Endgame”.
W „Prodigy” Doktor nadal służy w Gwiezdnej Flocie, nosi zaktualizowany mundur i stoi na mostku Voyagera-A pod dowództwem Admirał Janeway. Jest głównym oficerem medycznym na pokładzie nowego Voyagera. Co ważne, Doktora nadal gra Robert Picardo, powtarzając swoją rolę. Picardo ma teraz 70 lat i brzmi trochę starzej niż w 2001 roku. Jednak dzięki magii animacji Doktor nie postarzał się ani o dzień.
Ponieważ Voyager-A jest szkołą latania, Doktor wydaje się być swego rodzaju asystentem dyrektora. To on kieruje Dalem (Brett Gray), Rok-Tahkiem (Rylee Alazraqui), Zero (Angus Imrie), Murfem (Dee Bradley Baker) i Jankomem Pogiem (Jason Mantzoukas) na ich stanowiska na statku.
